Skuad bawah 16 tahun Malaysia telah diletakkan di dalam Kumpulan A bersama Jepun, Thailand dan Tajikistan bagi saingan Piala AFC bawah 16 tahun yang akan berlangsung di Kuala Lumpur pada 20 September hingga 7 Oktober 2018 nanti.
Malaysia selaku tuan rumah diletakkan dalam Pot 1 bersama Iraq, Iran dan Korea Utara. Sementara wakil Asia Tenggara yang lain seperti Thailand dan Indonesia berada dalam Pot 3 dan Pot 4.
Bagi Kumpulan B, juara edisi 2010 dan 2014, Korea Utara diletakkan bersama juara edisi 1996 dan 2000, Oman, Yemen dan Jordan. Kumpulan C pula diwakili oleh juara edisi 2008, Iran bersama Vietnam yang pernah menduduki tempat keempat pada tahun 2000 bersama India dan satu lagi wakil Asia Tenggara, Indonesia.
Kumpulan D pula akan melihat pertembungan di antara juara edisi 2016 Iraq bertemu juara 1986 dan 2002, Korea Selatan, Australia dan pendatang baru Piala AFC Bawah 16 tahun, Afghanistan.
Ini merupakan kali kelima Malaysia bersaing dalam Piala AFC bawah 16 tahun dengan pencapaian terbaik Malaysia adalah layak ke suku akhir pada tahun 2014. Empat pasukan terbaik dalam kejohanan ini akan mewakili benua Asia ke Piala Dunia bawah 17 tahun yang akan diadakan di Peru pada 2019 nanti.