Selepas tamatnya waktu pendaftaran kedua pemain Liga Super 2016, Football Channel Malaysia telah menyediakan senarai keluar masuk pemain yang telah rasmi bagi setiap pasukan. Didalam senarai ini juga adalah termasuk pemain yang dalam status pinjaman.
1) Felda United FC
Pemain Masuk:
- Ahmad Fakri Saarani ( Kedah FA)*
Pemain Keluar:
- Tiada
2) Johor Darul Ta’zim (JDT)
Pemain Masuk:
- Dominic Tan Jun Jin (JDT II)
- Mohd Hasbullah ( JDT II)
- Mohd Azrif Nasrulhaq ( Selangor FA)
Pemain Keluar:
- Mohamed Amer Saidin ( JDT II)
- Muhammad Akram Mahinan ( JDT II )
3) Kedah FA
Pemain Masuk:
- Shane Edward Smeltz ( Sydney FC )
- Thiago Agusto Fernandes ( Felda United )
Pemain Keluar:
- Carlos Eduardo de Souza Floresta ( Release )
- Sandro da Silva Mendonca ( Tidak didaftar )
- Ahmad Fakri Saarani ( Felda United ) *
4) Kelantan FA
Pemain Masuk:
- Morgaro Lima Gomis ( Heart of Midlothian )
- Wander Luiz Bitencourt Junior ( Tombense FC)
Pemain Keluar:
- Mohamad Rozaimi Azwar ( MOF FC)
- Mohd Farisham Ismail ( Penang FA) *
- Tuan Muhamad Faim ( MOF FC)
- Dramane Traore ( Release )
- Jonathan Lucca ( Release )
5) Pahang FC
Pemain Masuk:
- Claudio Andres Meneses Cordero ( CD San Luis de Quilotta )
- Pablo Andres Wranjican ( CDP Curico Unido )
- Jailton de Campos dos Santos ( EC Bahia )
- Faysal Shayesteh ( Songkhla United )
- Kogileswaran Raj
- Dinesh Rajasingam
- Mohd Helmi Eliza Elias
Pemain Keluar:
- Zeshan Rahman ( Release )
- Dalibor Volas ( Release )
- German Ezequiel Pacheco Gonzalez ( Release )
- Nejc Potokar ( Release )
6 ) PDRM FA
Pemain Masuk:
- Muhammad Fakhrul Aiman Sidid ( DRB Hicom FC )
- Guilherme de Paula Lucrecio ( Ethnikos Achna FC )
- Mohd Safiee Ahmad ( PDRM Piala Belia )
- Mohd Fauzi Abd Majid ( Perlis FA )
- Mohd Eskandar Ismail
Pemain Keluar:
- Muhammad Izuan Salahuddin ( DRB Hicom FC )
- Ali Ashfaq ( Release )
- Mohd Fekry Tajudin
- Muhammad Safwan Hashim ( Release )
7) Penang FA
Pemain Masuk:
- Joeng Seok-min ( Jeonnam Dragons )
- Ranti Martins Soleye ( Kingfisher East Bengal )
- Mohd Farisham Ismail ( Kelantan FA )*
Pemain Keluar:
- Brent Reece Griffiths ( Release )
- Osas Marvellous Ikpefua ( Release )
8) Perak FA
Pemain Masuk:
- Xhevahir Sukaj ( FK Partizani Tirana )
- Mohammad Syahmil bin Khairi
- Razali bin Umar Kandasamy ( MISC-MIFA )
- Oybek Kilichev ( Pakhtakor FC )
- Muhammad Irfan bin Abdul Ghani ( JDT II )
- Muhamad Tuah Iskandar bin Jamaluddin @ James Eddy Mak ( JDT II )
Pemain Keluar:
- Eric Weeks Lewis ( Madura United FC )
9) Sarawak FA
Pemain Masuk:
- Teah Baysah Dennis ( Barracj Young Controllers )
Pemain Keluar:
- Davide Grassi ( Release )
10) Selangor FA
Pemain Masuk:
- Ugochukwu Ukah ( AEL Kallonis )
Pemain Keluar:
- Robert Richard Cornthwaite ( Release )
- Mohd Azrif Nasrulhaq ( JDT )
11) Terengganu FA
Pemain Masuk:
- Muhammad Radhi bin Mohd Yusof T-Team FC
- Bogdan Milić CA Osasuna (Spain)
- Mohamad Hasrolsyawal bin Hamid Hanelang FC
- Mohd Suhaimi bin Husin Hanelang FC
- Karen Harutyunyan FC Pyunik (Armenia)
Pemain Keluar:
- Amirizdwan Taj bin Tajudin ( Released )
- Gustavo Fabian López ( Deregistered )
- Juan José Morales ( Released )
12) T-Team FC
Pemain Masuk:
- Tiada
Pemain Keluar:
- Muhammad Radhi bin Mohd Yusof ( Terengganu FA )
Rumusan:
- Pahang FA menjadi pasukan paling aktif membawa masuk pemain baru apabila mendaftarkan 7 pemain, diikuti oleh Perak FA seramai 6 pemain. Terengganu dan PDRM masing-masing membawa 5 pemain baru ke dalam pasukan.
- Pahang FA merupakan satu-satunya pasukan yang ‘membuang’ semua pemain import mereka selepas separuh musim berlalu.
- Hanya 2 pemain berada dalam status pinjaman ke pasukan lain iaitu Farisham Ismail & Ahmad Fakri Saarani.
- T-Team FC tidak menambah pemain baru, namun melepaskan seorang pemain mereka untuk beraksi bersama Terengganu.
- Felda United FC pula, mengekalkan semua pemain sedia ada dan menambah Ahmad Fakri Saarani dalam pasukan.