③시간은 앙리의 편
그러나 시간은 앙리의 편이었다. 맨유는 2002/2003시즌을 끝으로 팀의 핵심 선수였던 베컴을 레알 마드리드로 매각했다. 그리고 당시 어린 선수였던 크리스티아누 호날두를 영입하는 등 대대적인 선수단 개편 과정에 돌입했다. 설상가상 팀의 주장이었던 로이 킨과 퍼거슨의 갈등이 심화했다. 그만큼 판 니스텔로이는 맨유를 이끌고 외로운 싸움을 해야만 했다.
반면, 앙리는 달랐다. 당시 아스널은 데니스 베르캄프와 프레드리크 융베리, 로베르 피레, 애슐리 콜, 솔 캠벨 등과 같이 뛰어난 선수들이 버티고 있었다. 앙리는 이들과 함께 2003/2004시즌 때 프리미어 리그 역사상 최초의 무패 우승을 차지했다. 또한, 리그 30득점을 넣으며 득점왕을 차지했다.
2004/2005시즌에는 무리뉴의 첼시에 밀려 리그 2연패에 실패했지만, 리그 25골을 기록하며 2년 연속 득점왕을 차지했다.
이에 비해 판 니스텔로이의 상황은 좋지 못했다. 베컴이 떠난 이후 판 니스텔로이의 득점력은 떨어졌다. 판 니스텔로이는 리그 20득점을 넣었다. 또한, 소속팀 맨유는 리그 3위라는 성적을 냈으며, 챔스에서 조세 무리뉴 감독이 이끌었던 FC 포르투에 패해 16강에서 탈락하는 굴욕을 맛봤다. 3년 연속 챔스 득점왕을 노렸던 판 니스텔로이는 4득점에 그쳤다.
2004/2005시즌에는 부상을 당하며 대부분을 결장했다. 리그에서는 17경기 밖에 나오지 못했고 6득점만을 기록했다, 그러나 챔스에서 8득점을 성공하며 대회 득점왕 탈환에 성공했다. 하지만 소속팀 맨유는 리그 3위라는 성적에 만족해야만 했다. 우승팀 첼시와의 승점 차이는 무려 18점에 달했다.