이는 바로 바이에른의 주(州)에서 주기(州旗)로 사용하는 문양이다. 바이에른 주의 주기는 파란색과 흰색 패턴의 문양을 사용한다.
독일이 프로이센 왕국에 통일되기 전 바이에른 주에는 신성 로마 제국의 일곱 제후 중 하나였던 바이에른 선제후국이 있었다. 이 아가일 문양의 깃발은 당시에도 사용됐다.
1623년부터 1806년까지 존재했던 제후국은 나폴레옹 전쟁 때 나폴레옹 1세의 편에 섰다. 이후 아우스터리츠 전투에서 승리한 나폴레옹 1세는 당시 자신을 지지했던 바이에른과 작센, 뷔르템베르크 3개 제후국을 왕국으로 승격시켰다.
이에 당시 제후였던 막시밀리안 4세는 바이에른 왕국의 막시밀리안 1세로 즉위했다. 이후 바이에른 제후국 시절에도 사용됐던 아가일 문양은 왕국을 상징하는 문장이 됐다.
나폴레옹 전쟁이 끝난 이후 바이에른 왕국은 프로이센과 오스트리아에 이어 독일에서 세 번째로 큰 나라가 됐다. 그러나 1866년 프로이센-오스트리아 전쟁에서 오스트리아의 편에 섰다가 패하자 영향력이 축소됐고 1871년에 프로이센의 독일 제국에 가담하게 됐다.