Lần đầu tiên vòng loại giải bóng đá U.21 quốc gia, mỗi đội sẽ thi đấu đến 7 lượt trận vòng loại thay vì chỉ có 4 hay 5 lượt như mọi năm và sẽ ngắt thành 2 giai đoạn cho phù hợp với lịch thi đấu chung của cả mùa giải do VFF ban hành.
Cho đến ngày 20.5, tổng cộng có 22 đội đăng ký tham dự vòng loại. Thay vì chia nhỏ bảng như mọi năm để mỗi bảng chỉ có 4 hay 5 đội thì VFF, Công ty cổ phần Tập đoàn Truyền thông Thanh Niên thống nhất quyết định phải tăng độ cọ xát cho các đội bóng, các cầu thủ bằng việc tăng số trận thi đấu ở vòng loại.
Cụ thể thay vì chia làm 4 hay 5 bảng thì vòng loại chỉ có 3 bảng, mỗi bảng sẽ có ít nhất 7 đội (bảng A, B) riêng bảng C có 8 đội. Như vậy mỗi đội trong từng bảng thay vì chỉ đá 3 hay 4 trận ở vòng loại như mọi năm giờ phải đá ít nhất 6 trận và nhiều nhất là 7 trận theo thể thức vòng tròn một lượt. Sau này nếu điều kiện thời gian cho phép, VFF sẽ tiến tới đá vòng loại giải U.21 với 2 lượt như vòng loại giải U.19 quốc gia. Khi đó sẽ tăng gấp đôi số lượng trận vòng loại và mức độ cọ xát, trui rèn trận mạc cho các cầu thủ U.21.
Bên cạnh đó do tình hình lịch thi đấu năm 2019 của bóng đá Việt Nam từ nay đến cuối năm san sát, cả giải V-League và hạng nhất chỉ có 2 đợt nghỉ “FIFA Day” vào đầu tháng 6 và đầu tháng 9, mỗi đợt khoảng 10 ngày và một đợt nghỉ giữa giai đoạn của mùa bóng khoảng 2 tuần (hết vòng 13 V-League và vòng 11 hạng nhất, từ 17 – 30.6). Vì thế vòng loại giải U.21 năm 2019 sẽ phải chia thành 2 giai đoạn.
Giai đoạn 1 thi đấu từ 19 – 23.6 (hoặc 26/6) với 3 lượt trận và giai đoạn 2 từ 30.8 đến 8.9 gồm 4 lượt trận. Sở dĩ giai đoạn 1 có 2 khung thời gian ngày kết thúc vì tùy theo tình hình thực tế mỗi bảng trong cuộc họp chuyên môn ngày 18/6 bảng trưởng sẽ quyết định. Như bảng C đội TP.HCM đã xin đá vòng loại giai đoạn 1 kết thúc ngày 23/6 vì nhiều cầu thủ của đội này kẹt thi đại học (từ 25/6 đến 27/6) nên rất có thể bảng C sẽ đá từ 19 đến 23/6, còn 2 bảng còn lại nếu không có cầu thủ vướng thi đại học thì tiến hành từ 19 đến 26/6.
7 lượt đấu vòng loại cụ thể: Giai đoạn 1 vào các ngày 19/6, 21/6 (hoặc 23/6), 23/6 (hoặc 26/6). Giai đoạn 2 vào các ngày 30/8, 2/9, 5/9, 8/9. Sau khi kết thúc vòng loại, 6 đội đứng nhất, nhì của ba bảng và 2 đội thứ ba có thành tích tốt nhất lọt vào vòng chung kết. Trường hợp HAGL (đơn vị đăng cai vòng chung kết cùng với Kon Tum) không nằm trong danh sách 8 đội này thì chỉ lấy 1 đội thứ ba có thành tích tốt nhất vào vòng chung kết.
22 đội chia thành 3 bảng như sau
Bảng A: Do Trung tâm thể thao Viettel đăng cai tổ chức, gồm 7 đội: Viettel.Công An Nhân Dân, Hà Nội, Nam Định, Phù Đổng FC, Sông Lam Nghệ An, Than Quảng Ninh.
Bảng B: Do Công ty cổ phần bóng đá Hoàng Anh Gia Lai đăng cai tổ chức, gồm 7 đội: Hoàng Anh Gia Lai, Becamex Bình Dương, Bình Phước, Đăk Lăk , Hồng Lĩnh Hà Tĩnh, Khánh Hoà, SHB Đà Nẵng.
Bảng C: do Công ty cổ phần đầu tư thương mại dịch vụ Lê Vũ (Trung tâm Thể thao Thành Long) đăng cai tổ chức, gồm 8 đội: An Giang, Bến Tre, Đồng Nai, Đồng Tháp, Long An, TP.HCM, Phố Hiến, Vĩnh Long.
Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. Chọn 03 đội xếp thứ Nhất, 03 đội xếp thứ Nhì và 01 đội xếp thứ Ba có điểm và các chỉ số cao hơn trong ba bảng vào thi đấu vòng chung kết.
Trong trường hợp số đội tại các bảng không bằng nhau: khi so sánh các chỉ số để xác định 01 đội xếp thứ Ba có điểm và các chỉ số cao hơn vào vòng chung kết, BTC giải sẽ không tính kết quả của các trận đấu giữa đội xếp thứ Ba gặp các đội xếp cuối tại các bảng có số Đội nhiều hơn, sao cho số trận đấu của các đội xếp thứ Ba giữa các bảng khi so sánh là bằng nhau.
Nếu đội Hoàng Anh Gia Lai kết thúc thi đấu tại vòng loại với vị trí trong nhóm 03 đội xếp thứ Nhất, 03 đội xếp thứ Nhì hoặc là đội xếp thứ Ba có thành tích tốt nhất ở ba bảng, thì đội xếp thứ ba có thành tích tốt hơn trong hai bảng còn lại sẽ giành quyền tham dự vòng chung kết.