Không đồng tình với cách tổ chức của VFF, đội Mancons Sài Gòn đã tuyên bố bỏ giải hạng nhì quốc gia 2018 và VFF cũng đã loại đội bóng này ra khỏi danh sách tham dự giải.
Theo đó, VFF cho biết Giải hạng nhì quốc gia 2018 sẽ không có sự tham dự của CLB Mancons Sài Gòn và đồng thời sửa lại điều lệ của giải. Cụ thể, từ chỗ sẽ có một đội xuống hạng, giải sẽ không có đội xuống hạng. Ba đội có thành tích tốt nhất tại VCK vẫn sẽ giành quyền thăng hạng nhất 2019.
Lí giải về việc loại CLB Mancons Sài Gòn, một quan chức VFF cho biết do CLB Mancons muốn bảo lưu suất hạng nhì và cho đến sát ngày khai mạc giải vẫn không hoàn tất các thủ tục đăng ký tham dự giải (đóng lệ phí, đăng ký giờ, sân thi đấu) nên VFF buộc lòng phải loại đội bóng này ra khỏi giải. Bên cạnh đó, VFF cũng phải thay đổi điều lệ để phù hợp với số lượng đội tham dự.
Nói về lý do không hoàn tất thủ tục đăng ký tham dự giải, ông Trần Nguyên Hùng, chủ tịch Mancons Sài Gòn cho biết: “VFF tổ chức kiểu không tôn trọng các đội bóng và coi thường giải hạng nhì nên tôi không tham gia. Đợi khi nào VFF tổ chức tốt thì tôi mới xem xét cho đội bóng chơi trở lại. Ai cũng lớn hết rồi, nói ít hiểu nhiều. Còn nói hoài mà họ không hiểu thì nói làm gì nữa cho mắc công”.
Như vậy, Giải hạng nhì quốc gia 2018 sẽ có 13 đội tham dự. Bảng A gồm Phù Đổng FC, Phố Hiến Hưng Yên, Nam Định, Lâm Đồng, Kon Tum, Bình Thuận, Fishsan Khánh Hòa. Bảng B gồm Bà Rịa Vũng Tàu, Tiền Giang, Bến Tre, Long An, An Giang và Vĩnh Long. Các đội thi đấu theo thể thức vòng tròn hai lượt đi và về để tính điểm, xếp hạng. Hai đội dẫn đầu hai bảng sẽ vào thi đấu VCK. Hai đội giành chiến thắng sẽ giành quyền thăng hạng nhất quốc gia 2019. Hai đội thua sẽ gặp nhau để tranh vé còn lại.