Ít nhất đã có 3 đội rút khỏi vòng loại U21 Quốc gia Báo Thanh Niên – Cúp Clear Men 2017 nên BTC đã phải có chút thay đổi về việc sắp xếp bảng đấu.
U21 Nam Định, U21 Quảng Ninh và U21 Cà Mau là 3 đội rút khỏi giải đấu trong khi U21 Đồng Nai là đội đăng kí thêm. Với việc có sự thay đổi về số đội tham dự thì BTC giải đã sắp xếp các giải đấu như sau:
Bảng A: Viettel, FLC Thanh Hoá, Hà Nội, Sông Lam Nghệ An. (Viettel đăng cai tổ chức các trận đấu)
Bảng B: Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Bình Định, Khánh Hòa, SHB Đà Nẵng (Huế đăng cai tổ chức các trận đấu)
Bảng C: Hoàng Anh Gia Lai, Bình Phước, Đắk Lắk, Quỹ đầu tư phát triển tài năng bóng đá Việt Nam (PVF), TP.Hồ Chí Minh, Đồng Nai (HAGL đăng cai tổ chức các trận đấu)
Bảng D: Long An, Tiền Giang, Cần Thơ, An Giang, Đồng Tháp (Long An đăng cai tổ chức các trận đấu)
Theo quy định, các cầu thủ tham dự vòng loại U21 Quốc gia 2017 phải sinh từ ngày 1/1/1996 đến 31/12/2001. Điều này đồng nghĩa với việc những cầu thủ có mặt trong thành phần U20 Việt Nam tham dự U20 World Cup như Hồ Minh Dĩ, Nguyễn Trọng Đại hay Lương Hoàng Nam vẫn có thể tham gia giải đấu.
Vòng loại U21 Quốc gia Báo Thanh Niên – Cúp Clear Men 2017 sẽ diễn ra từ ngày 8 đến 18/8. 4 đội nhất mỗi bảng và 3 đội nhì có thành tích tốt nhất sẽ cùng chủ nhà U21 B.Bình Dương giành quyền tham dự VCK được tổ chức ở sân Gò Đậu – Bình Dương vào tháng 11.